La prima parrocchia di Siligo era ubicata nella parte più elevata del paese, ora denominata Borgo San Nicolò, ed era intitolata a S. Nicola di Bari. Il culto ebbe inizio ai primi del 1000 e ciò è attestato dalle pagine del Condaghe di Sorres del sec. XV. Ivi leggiamo come il vescovo di Sorres, i canonici e i parroci della zona (curatoria del Meilogu) si riunissero spesso in Sa (intro) ecclesia de Santu Nigola de Siloghe per questioni di ordine pastorale, amministrativo, diocesano.
Ai piedi del colle Su Runaghe si estendeva il cimitero; infatti in quei dintorni spesse volte i contadini e i pastori rinvenivano ossa umane, monete e oggetti sacri.
La Chiesa di San Nicola fu ufficiata pressappoco fino al 1490, al massimo fino al 1505. Nel Condaghe sono elencati i nomi di alcuni rettori:
:: Pinna Irsocho (1341-1350);
:: Franziscu de Marongiu (1442-1445);
:: Pedru de Serra (1456-1480);
:: Juanne Serra e Antonio de Liquiris (1505).
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